De retour d'une mission d'exploration, Mario trouve une lettre sur le balcon du château de la princesse dans laquelle, elle lui dit avoir été kidnappée par le diabolique Bowser. Elle l'implore de venir la secourir. Sans plus attendre, il se lance sur la trace de Bowser. A peine arrivé aux portes du royaume de son ennemi, qu'il entend une voix depuis son téléphone lui disant qu'il n'est pas seul, qu'il sera aidé par ce mystérieux inconnu tout au long de sa mission. Lance-toi sur le trace de Bowser, parcours les chemins tortueux de ce monde infesté d'ennemis. Si tu survis assez longtemps, tu pourras peut être jouer avec le second personnage du jeu.
Pour jouer à ce jeu, Paper Mario, utilise les touches Gauche et Droite pour te déplacer, la touche Haut pour sauter et la Barre d'espace pour utiliser ton marteau. La combinaison des touches Barre d'espace et Gauche ou Droite te permet de tirer en marchant.